导读代谢通路富集气泡图横轴为通路影响值拓扑重要性越大越好纵轴为-log10(p)越红越好。优先锁定右上区域结合各通路内代谢物丰度的升降趋势判断通路的激活或抑制状态。图1. 热图bar组合图《Neuro》文章Comprehensive characterization of metabolic consumption and production by the human brain. fig2e.以代谢通路富集气泡图展示了大脑摄取和释放的所有代谢物的富集分析结果。图中X轴表示通路影响值pathway impactY轴表示-log10(pvalue)。点越大表示通路影响越大点颜色越红表示越显著。同时使用引导线标注了几个感兴趣的通路氨酰-tRNA生物合成aminoacyl-tRNA biosynthesis、 精氨酸和脯氨酸代谢arginine and proline metabolism、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢alanine, aspartate, and glutamate metabolism、谷氨酰胺和谷氨酸代谢glutamine and glutamate metabolism以及嘌呤代谢purine metabolism。通路富集分析中利用多种拓扑分析工具客观地评估代谢通路中节点的中心性即“枢纽”程度并将其量化为“通路影响值pathway impact”。该值综合了通路的中枢性和富集性分析结果计算方式为将每条通路中匹配到的代谢物的重要性得分加总再除以该通路内全部代谢物的重要性得分总和。范围在0到1之间代表影响的强度数值越大越好。同时辅以p值显著性所以处于气泡图右上角的pathway是最可信的。可用使用代谢组学分析全能网站https://metaboanalyst.ca进行通路富集分析然后获得这张图的数据。1打开作图URLhttps://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_metabolism_pathway_impact_dot_plot图2.绘图页面2示例数据点击图片上方的示例数据下载并使用excel打开。图3. 示例数据示例数据包括3列第1列通路名第2列p值不能为0第3列impact值范围0-13输入检查示例数据点击输入框下面的“示例”按钮将载入示例数据。真实数据数据放在excel中调整好后CtrlA选中数据CtrlC拷贝CtrlV将数据粘贴到输入框中。图4. 载入数据输入检查然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤直到检查通过如下图所示然后可以继续选择其他参数。图5.输入检查结果注输入检查是新添加的功能它会根据不同模块的输入要求逐行逐列检查输入数据并给出提示以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查。4选择参数图6.绘图参数图片大小图片宽度图片高度参数待标注通路名需要标注的感兴趣的通路名一行一个来自输入数据的第一列。建议标注p值显著且pathway impact大的通路右上角最佳程序自动标注可能会出现文字和点文字和文字重叠的现象因此我们这里设置了2个参数来避免这种情况1通路名换行长度若通路名长度超过60个字符会自动换行2随机因子不同随机因子标注的位置不同可用多试试如果还有重叠3减少待标注通路的字体大小4出图后使用acrobat illustrator编辑文字字体大小轴说明文字字体大小X轴的Impact来自输入数据首行第3列Y轴的-log10(pvalue)的字体大小轴刻度文字字体大小X轴和Y轴数字刻度的字体大小标注通路字体大小标注的点对应的通路的字体大小网格线设置了灰色蓝色和不显示网格三种选项字体设置了期刊杂志中最常用的两种字体Times New Roman和Arial。如需使用其他字体可以下载pdf或者svg图片然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改5提交出图检查通过并且参数选好后点击“提交”按钮约2s后会在页面上显示代谢气泡图预览。我们提供了pdf、svg两种矢量图png、tiff两种标量图供大家下载使用。图7.预览图请使用Acrobat Illustratorinkscape等软件编辑矢量图pdf或svg进行组图调整文字、图像元素位置字体添加说明等操作以满足个性化需求。微生信助力高分文章谷歌学术10000
在线绘制代谢组富集分析通路影响（pathway impact）气泡图
导读代谢通路富集气泡图横轴为通路影响值拓扑重要性越大越好纵轴为-log10(p)越红越好。优先锁定右上区域结合各通路内代谢物丰度的升降趋势判断通路的激活或抑制状态。图1. 热图bar组合图《Neuro》文章Comprehensive characterization of metabolic consumption and production by the human brain. fig2e.以代谢通路富集气泡图展示了大脑摄取和释放的所有代谢物的富集分析结果。图中X轴表示通路影响值pathway impactY轴表示-log10(pvalue)。点越大表示通路影响越大点颜色越红表示越显著。同时使用引导线标注了几个感兴趣的通路氨酰-tRNA生物合成aminoacyl-tRNA biosynthesis、 精氨酸和脯氨酸代谢arginine and proline metabolism、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢alanine, aspartate, and glutamate metabolism、谷氨酰胺和谷氨酸代谢glutamine and glutamate metabolism以及嘌呤代谢purine metabolism。通路富集分析中利用多种拓扑分析工具客观地评估代谢通路中节点的中心性即“枢纽”程度并将其量化为“通路影响值pathway impact”。该值综合了通路的中枢性和富集性分析结果计算方式为将每条通路中匹配到的代谢物的重要性得分加总再除以该通路内全部代谢物的重要性得分总和。范围在0到1之间代表影响的强度数值越大越好。同时辅以p值显著性所以处于气泡图右上角的pathway是最可信的。可用使用代谢组学分析全能网站https://metaboanalyst.ca进行通路富集分析然后获得这张图的数据。1打开作图URLhttps://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_metabolism_pathway_impact_dot_plot图2.绘图页面2示例数据点击图片上方的示例数据下载并使用excel打开。图3. 示例数据示例数据包括3列第1列通路名第2列p值不能为0第3列impact值范围0-13输入检查示例数据点击输入框下面的“示例”按钮将载入示例数据。真实数据数据放在excel中调整好后CtrlA选中数据CtrlC拷贝CtrlV将数据粘贴到输入框中。图4. 载入数据输入检查然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤直到检查通过如下图所示然后可以继续选择其他参数。图5.输入检查结果注输入检查是新添加的功能它会根据不同模块的输入要求逐行逐列检查输入数据并给出提示以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查。4选择参数图6.绘图参数图片大小图片宽度图片高度参数待标注通路名需要标注的感兴趣的通路名一行一个来自输入数据的第一列。建议标注p值显著且pathway impact大的通路右上角最佳程序自动标注可能会出现文字和点文字和文字重叠的现象因此我们这里设置了2个参数来避免这种情况1通路名换行长度若通路名长度超过60个字符会自动换行2随机因子不同随机因子标注的位置不同可用多试试如果还有重叠3减少待标注通路的字体大小4出图后使用acrobat illustrator编辑文字字体大小轴说明文字字体大小X轴的Impact来自输入数据首行第3列Y轴的-log10(pvalue)的字体大小轴刻度文字字体大小X轴和Y轴数字刻度的字体大小标注通路字体大小标注的点对应的通路的字体大小网格线设置了灰色蓝色和不显示网格三种选项字体设置了期刊杂志中最常用的两种字体Times New Roman和Arial。如需使用其他字体可以下载pdf或者svg图片然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改5提交出图检查通过并且参数选好后点击“提交”按钮约2s后会在页面上显示代谢气泡图预览。我们提供了pdf、svg两种矢量图png、tiff两种标量图供大家下载使用。图7.预览图请使用Acrobat Illustratorinkscape等软件编辑矢量图pdf或svg进行组图调整文字、图像元素位置字体添加说明等操作以满足个性化需求。微生信助力高分文章谷歌学术10000
