Ensembl Plants 深度解析植物基因组学的全球数据枢纽Ensembl Plants 是由欧洲分子生物学实验室 - 欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI主导开发的植物基因组学专属数据门户是全球植物基因组研究领域最权威、最全面的整合型资源平台之一。自 2009 年上线以来该平台以 “标准化整合、可视化呈现、工具化分析” 为核心为全球植物学家、遗传学家、育种专家提供从基因组序列到功能注释、从变异检测到比较进化的全链路数据支持已成为植物基因组学研究不可或缺的基础工具。截至 2026 年 3 月Ensembl 56 版Ensembl Plants 已收录超过 125 种植物及栽培品种的高质量基因组数据涵盖模式植物、粮食作物、经济作物、药用植物及藻类等多个类群包括拟南芥、水稻、小麦、玉米、大豆、番茄、葡萄、苔藓等。数据每 4-5 个月更新一次确保研究人员能及时获取最新的基因组注释、变异信息和比较基因组学结果。https://plants.ensembl.org/Helianthus_annuus/Info/Index #向日葵一、平台定位与核心使命Ensembl Plants 隶属于 Ensembl Genomes 联盟专注非脊椎动物基因组包括植物、真菌、细菌、原生生物等与脊椎动物基因组数据库Ensembl形成互补共同构成全球最大的公共基因组数据体系。其核心使命是标准化整合统一整合来自全球公共数据库如 ENA、GenBank、Phytozome 等的植物基因组序列、基因模型、功能注释、变异数据及表达信息解决不同数据源格式不统一、注释标准各异的问题可视化呈现通过直观的基因组浏览器将复杂的基因组数据以图形化方式展示帮助研究者快速定位基因、解析基因组结构、查看变异位点与进化关系工具化赋能提供一站式在线分析工具支持序列比对、变异效应预测、基因组坐标转换、批量数据下载等功能降低植物基因组数据分析的技术门槛Ensembl Plants开放共享所有数据免费开放支持通过网页、API、FTP 等多种方式获取促进全球植物基因组研究的协同创新。二、数据体系覆盖植物基因组全维度的核心资源Ensembl Plants 的数据体系分为核心基因组数据、变异与表型数据、比较基因组学数据、表达数据四大模块每个模块均包含丰富的细分内容满足不同研究场景的需求。1. 核心基因组数据基因组序列与基因注释的基础这是 Ensembl Plants 最核心的数据层涵盖所有收录物种的参考基因组序列、基因模型转录本、外显子、内含子、UTR、蛋白序列及功能注释是所有下游分析的基础。基因组序列所有基因组数据均来自 INSDC国际核苷酸序列数据库协作的高质量组装包括染色体水平伪分子、scaffold 和 contig 三个层级同时提供软屏蔽重复序列小写标记和硬屏蔽N 替换版本适配不同分析需求基因模型基因注释整合自 ENA、Phytozome 及全球研究团队提交的高质量数据每个基因均包含稳定 ID如 AT1G01000、转录本 ID、外显子 / 内含子结构、CDS 序列、蛋白序列等核心信息且注释标准统一支持跨物种对比功能注释为每个基因 / 蛋白关联 GO基因本体论术语生物过程、细胞组分、分子功能、InterPro 蛋白结构域、UniProt 注释、Pathway 通路信息等帮助研究者快速解析基因功能Ensembl Training特殊物种特色数据针对多倍体植物如小麦、棉花提供亚基因组专属注释针对模式植物如拟南芥提供 1001 基因组项目的变异与表型关联数据针对性解决特殊物种的研究需求。2. 变异与表型数据连接基因型与表型的关键桥梁变异数据是植物遗传育种、功能基因组研究的核心Ensembl Plants 整合了全球多个项目的变异信息为研究遗传多样性、分子育种提供关键支撑。SNP/InDel/ 结构变异收录全基因组重测序、重测序项目、SNP 芯片如水稻 3K 项目、小麦 TaNG 芯片、Axiom 35K/820K 芯片产生的数百万个变异位点包括单核苷酸多态性SNP、插入缺失InDel、拷贝数变异CNV、结构变异SV等Ensembl Plants变异注释每个变异位点均关联所在基因、变异效应如错义突变、无义突变、剪接位点变异、等位基因频率、群体遗传信息部分变异还关联表型数据如抗病性、产量、品质特殊变异资源针对小麦提供种内同源变异IHVs、TILLING 群体的 EMS 突变位点针对水稻提供 3024 份种质的变异数据针对拟南芥提供 1001 份生态型的全基因组变异助力作物遗传多样性研究Ensembl Plants表型关联数据整合 EVA欧洲变异档案、公共文献及项目提交的表型数据支持变异位点与表型的关联查询为分子育种提供直接依据。3. 比较基因组学数据解析植物进化与基因家族演化比较基因组学是研究植物起源、进化、基因功能分化的核心手段Ensembl Plants 提供全面的比较基因组学分析结果帮助研究者揭示基因家族的进化规律、物种间的同源关系。全基因组比对WGA对亲缘关系较近的物种如水稻与拟南芥、小麦与大麦进行全基因组序列比对识别保守区域、缺失 / 插入区域、重排区域直观展示基因组的进化差异基因树与物种树通过 Ensembl Compara 流程构建全物种的基因家族树明确每个基因的直系同源基因orthologues、旁系同源基因paralogues、异源同源基因homoeologues多倍体特有帮助研究者追溯基因的进化来源保守区域分析识别跨物种的保守非编码序列CNS、保守基因簇解析植物进化过程中保留的关键功能区域为功能基因挖掘提供线索泛基因组Pangenome针对小麦、大麦、水稻等物种提供泛基因组数据整合多个栽培品种的基因组序列展示物种的全基因组遗传多样性解决单一参考基因组无法覆盖物种全部基因库的问题。4. 表达数据解析基因时空表达模式表达数据是解析基因功能、植物生长发育机制、逆境响应机制的关键Ensembl Plants 整合了公共数据库的 RNA-seq、微阵列数据为研究者提供基因表达的全局视图。公共表达数据整合 Expression Atlas、ENA 等数据库的植物组织 / 器官表达数据如根、茎、叶、花、果实、逆境胁迫表达数据如干旱、高温、盐胁迫、发育阶段表达数据支持按物种、组织、处理条件筛选表达信息可视化展示在基因组浏览器中以轨迹track形式展示基因表达量FPKM/TPM帮助研究者直观查看基因在不同条件下的表达差异表达定量数据支持批量下载特定基因 / 组织的表达定量表格用于后续的差异表达分析、共表达网络构建。三、核心工具一站式植物基因组分析平台Ensembl Plants 不仅提供数据还配备了一套功能强大的在线分析工具无需复杂的编程知识即可完成从数据查询到分析的全流程操作核心工具如下1. 基因组浏览器Genome Browser这是 Ensembl Plants 的核心交互界面采用可视化布局将基因组序列、基因模型、变异、表达、比较基因组学等数据以分层轨迹track的形式展示支持缩放、跳转、筛选帮助研究者快速定位目标区域并整合多维度数据Ensembl Training。核心功能区域搜索支持通过基因 ID、染色体坐标、变异 ID、物种名称快速定位基因组区域轨迹配置可自定义显示 / 隐藏不同类型的轨迹如基因轨迹、变异轨迹、表达轨迹、比对轨迹调整轨迹显示样式聚焦核心信息细节查看点击基因、变异、比对区域等可弹出详细信息框展示序列、注释、功能等内容数据下载支持当前区域的序列、注释、变异、表达等数据的批量下载Ensembl Training典型应用场景定位某一功能基因查看其外显子 / 内含子结构、上下游调控区域查看基因的变异位点分析变异对基因功能的影响对比不同物种的同源基因区域解析基因组的进化差异Ensembl Training。2. BLAST/BLAT 序列比对工具用于本地序列与 Ensembl Plants 基因组数据的比对快速找到同源序列是基因定位、同源基因挖掘的基础工具Ensembl Plants。支持的比对类型核酸比对BLASTn、BLATn将 DNA 序列比对到基因组用于基因定位、引物设计、变异检测蛋白比对BLASTp、TBLASTn将蛋白序列比对到基因组或核酸序列用于同源基因挖掘、基因功能预测翻译比对BLASTx、TBLASTx将核酸序列翻译为蛋白序列进行比对适用于无注释的新序列Ensembl Plants核心优势支持批量序列输入输出结果清晰包含比对得分、E 值、同源区域、序列同一性等关键信息结果可直接链接到基因组浏览器查看同源区域的详细注释Ensembl Plants。3. 变异效应预测器VEP这是 Ensembl 系列平台的标志性工具可分析用户提交的变异序列预测变异对基因功能、蛋白结构的影响是功能基因组学研究的核心工具Ensembl Plants。核心功能变异效应注释预测变异的效应类型错义突变、无义突变、剪接位点变异、同义突变等功能影响分析关联 GO 术语、蛋白结构域、保守区域等评估变异对基因功能的潜在影响群体频率查询提供变异在不同群体中的等位基因频率辅助判断变异的致病性批量处理支持大量变异位点的批量注释输出可直接用于后续分析的表格Ensembl Plants典型应用分析 GWAS、QTL 定位找到的显著变异位点预测其功能效应解析基因组重测序检测到的新变异评估其对作物性状的影响Ensembl Plants。4. 基因组坐标转换工具Assembly Converter用于不同版本基因组组装之间的坐标转换liftover解决基因组版本更新导致的坐标不一致问题是跨版本数据分析的必备工具Ensembl Plants。核心功能支持同一物种不同版本组装的坐标转换如拟南芥 TAIR10 到 Col-0-CEN10支持不同物种相近组装的坐标转换如水稻 Nipponbare 不同版本批量转换支持批量基因 ID 或坐标的转换输出转换结果表格Ensembl Plants典型应用将旧版本基因组的基因坐标转换到新版本整合不同版本的研究数据将野生种的基因组坐标转换到栽培种参考基因组辅助基因定位Ensembl Plants。5. BioMart 批量数据挖掘工具BioMart 是一个灵活的批量数据检索工具支持用户按自定义条件筛选数据并批量下载无需编程知识即可完成大规模数据获取Ensembl Training。核心功能多数据集选择支持选择不同物种、不同数据类型基因、变异、表达、序列作为数据集自定义筛选可通过基因 ID、染色体区域、变异效应、表达水平等条件筛选数据自定义属性选择需要输出的信息如基因序列、变异位点、表达量、GO 注释批量下载支持输出结果为 TSV、FASTA、GTF 等格式直接下载用于后续分析Ensembl Training典型应用批量下载某一物种所有抗病基因的序列与注释信息筛选某一染色体上的所有 SNP 变异获取其功能效应与群体频率下载特定组织的基因表达定量数据用于差异表达分析Ensembl Training。6. 其他辅助工具ID 历史转换工具将旧版本的基因 / 变异 ID 转换为当前版本的稳定 ID解决 ID 更新导致的数据丢失问题Ensembl Plants多倍体视图工具针对小麦、棉花等多倍体植物同时展示多个亚基因组的注释与比对信息帮助研究者解析亚基因组的进化与功能分化Ensembl Plants数据提交工具支持研究人员提交新的基因组注释、变异数据、表达数据经审核后整合到平台丰富平台数据资源。四、特色数据资源聚焦关键作物与模式植物Ensembl Plants 针对粮食作物、经济作物、模式植物提供了专属的深度数据资源这些资源是相关领域研究的核心支撑以下为重点介绍1. 小麦Triticum aestivum多倍体作物的典范小麦是全球最重要的粮食作物之一其异源六倍体基因组AABBDD结构复杂是 Ensembl Plants 的重点优化物种Ensembl Plants。核心数据参考基因组IWGSC RefSeq v1.0/v1.1 高质量组装包含 21 条染色体栽培品种数据17 个小麦栽培品种的基因组组装来自 10 小麦基因组项目包括中国春、Cadenza、Kronos 等变异数据约 9000 万个 SNP 变异来自 Watkins 地方小麦收集品、TaNG 芯片、Axiom 35K/820K 芯片、TILLING 群体的 EMS 突变位点亚基因组注释A、B、D 三个亚基因组的专属基因模型与变异数据支持亚基因组间的对比分析Ensembl Plants特色工具多倍体视图同时展示三个亚基因组的基因与变异直观解析同源基因的表达与变异差异小麦特异比较基因组学与水稻、短柄草、大麦等近缘物种的全基因组比对揭示小麦基因组的进化起源Ensembl Plants。2. 水稻Oryza sativa模式作物的标杆水稻是单子叶植物的模式作物也是全球最重要的粮食作物Ensembl Plants 收录了籼稻Indica和粳稻Japonica两个亚种的高质量数据。核心数据参考基因组籼稻 93-11、粳稻 Nipponbare 的高质量组装变异数据3024 份水稻种质的全基因组变异3K 水稻项目涵盖全球主要水稻品种表达数据不同组织、逆境胁迫下的基因表达数据支持水稻生长发育与逆境响应机制研究特色资源水稻特异 GO 注释与 Pathway 数据聚焦水稻的抗病、抗逆、产量相关通路与拟南芥的比较基因组学数据解析单子叶与双子叶植物的进化差异。3. 拟南芥Arabidopsis thaliana植物功能基因组学的模式拟南芥是植物科学研究的 “模式生物”其基因组小、遗传背景清晰Ensembl Plants 提供了最全面的拟南芥数据资源。核心数据参考基因组Col-0 生态型的高质量组装注释完善变异数据1001 拟南芥基因组项目的全基因组变异涵盖全球不同生态型表达数据不同组织、发育阶段、逆境胁迫下的表达数据支持基因功能验证特色资源1001 基因组项目的表型关联数据解析变异与表型的关系拟南芥特异的基因家族注释聚焦植物特有的功能基因家族。4. 其他特色物种资源玉米Zea mays收录 B73 参考基因组及多个自交系的基因组数据提供玉米杂种优势、抗逆相关的变异与表达数据大豆Glycine max提供四倍体大豆的亚基因组注释与野生大豆的比较基因组学数据解析大豆的进化与驯化葡萄Vitis vinifera提供端粒到端粒T2T的高质量组装解析葡萄的果实发育、抗逆机制
Ensembl Plants 高质量植物基因组寻找使用--生信工具080
Ensembl Plants 深度解析植物基因组学的全球数据枢纽Ensembl Plants 是由欧洲分子生物学实验室 - 欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI主导开发的植物基因组学专属数据门户是全球植物基因组研究领域最权威、最全面的整合型资源平台之一。自 2009 年上线以来该平台以 “标准化整合、可视化呈现、工具化分析” 为核心为全球植物学家、遗传学家、育种专家提供从基因组序列到功能注释、从变异检测到比较进化的全链路数据支持已成为植物基因组学研究不可或缺的基础工具。截至 2026 年 3 月Ensembl 56 版Ensembl Plants 已收录超过 125 种植物及栽培品种的高质量基因组数据涵盖模式植物、粮食作物、经济作物、药用植物及藻类等多个类群包括拟南芥、水稻、小麦、玉米、大豆、番茄、葡萄、苔藓等。数据每 4-5 个月更新一次确保研究人员能及时获取最新的基因组注释、变异信息和比较基因组学结果。https://plants.ensembl.org/Helianthus_annuus/Info/Index #向日葵一、平台定位与核心使命Ensembl Plants 隶属于 Ensembl Genomes 联盟专注非脊椎动物基因组包括植物、真菌、细菌、原生生物等与脊椎动物基因组数据库Ensembl形成互补共同构成全球最大的公共基因组数据体系。其核心使命是标准化整合统一整合来自全球公共数据库如 ENA、GenBank、Phytozome 等的植物基因组序列、基因模型、功能注释、变异数据及表达信息解决不同数据源格式不统一、注释标准各异的问题可视化呈现通过直观的基因组浏览器将复杂的基因组数据以图形化方式展示帮助研究者快速定位基因、解析基因组结构、查看变异位点与进化关系工具化赋能提供一站式在线分析工具支持序列比对、变异效应预测、基因组坐标转换、批量数据下载等功能降低植物基因组数据分析的技术门槛Ensembl Plants开放共享所有数据免费开放支持通过网页、API、FTP 等多种方式获取促进全球植物基因组研究的协同创新。二、数据体系覆盖植物基因组全维度的核心资源Ensembl Plants 的数据体系分为核心基因组数据、变异与表型数据、比较基因组学数据、表达数据四大模块每个模块均包含丰富的细分内容满足不同研究场景的需求。1. 核心基因组数据基因组序列与基因注释的基础这是 Ensembl Plants 最核心的数据层涵盖所有收录物种的参考基因组序列、基因模型转录本、外显子、内含子、UTR、蛋白序列及功能注释是所有下游分析的基础。基因组序列所有基因组数据均来自 INSDC国际核苷酸序列数据库协作的高质量组装包括染色体水平伪分子、scaffold 和 contig 三个层级同时提供软屏蔽重复序列小写标记和硬屏蔽N 替换版本适配不同分析需求基因模型基因注释整合自 ENA、Phytozome 及全球研究团队提交的高质量数据每个基因均包含稳定 ID如 AT1G01000、转录本 ID、外显子 / 内含子结构、CDS 序列、蛋白序列等核心信息且注释标准统一支持跨物种对比功能注释为每个基因 / 蛋白关联 GO基因本体论术语生物过程、细胞组分、分子功能、InterPro 蛋白结构域、UniProt 注释、Pathway 通路信息等帮助研究者快速解析基因功能Ensembl Training特殊物种特色数据针对多倍体植物如小麦、棉花提供亚基因组专属注释针对模式植物如拟南芥提供 1001 基因组项目的变异与表型关联数据针对性解决特殊物种的研究需求。2. 变异与表型数据连接基因型与表型的关键桥梁变异数据是植物遗传育种、功能基因组研究的核心Ensembl Plants 整合了全球多个项目的变异信息为研究遗传多样性、分子育种提供关键支撑。SNP/InDel/ 结构变异收录全基因组重测序、重测序项目、SNP 芯片如水稻 3K 项目、小麦 TaNG 芯片、Axiom 35K/820K 芯片产生的数百万个变异位点包括单核苷酸多态性SNP、插入缺失InDel、拷贝数变异CNV、结构变异SV等Ensembl Plants变异注释每个变异位点均关联所在基因、变异效应如错义突变、无义突变、剪接位点变异、等位基因频率、群体遗传信息部分变异还关联表型数据如抗病性、产量、品质特殊变异资源针对小麦提供种内同源变异IHVs、TILLING 群体的 EMS 突变位点针对水稻提供 3024 份种质的变异数据针对拟南芥提供 1001 份生态型的全基因组变异助力作物遗传多样性研究Ensembl Plants表型关联数据整合 EVA欧洲变异档案、公共文献及项目提交的表型数据支持变异位点与表型的关联查询为分子育种提供直接依据。3. 比较基因组学数据解析植物进化与基因家族演化比较基因组学是研究植物起源、进化、基因功能分化的核心手段Ensembl Plants 提供全面的比较基因组学分析结果帮助研究者揭示基因家族的进化规律、物种间的同源关系。全基因组比对WGA对亲缘关系较近的物种如水稻与拟南芥、小麦与大麦进行全基因组序列比对识别保守区域、缺失 / 插入区域、重排区域直观展示基因组的进化差异基因树与物种树通过 Ensembl Compara 流程构建全物种的基因家族树明确每个基因的直系同源基因orthologues、旁系同源基因paralogues、异源同源基因homoeologues多倍体特有帮助研究者追溯基因的进化来源保守区域分析识别跨物种的保守非编码序列CNS、保守基因簇解析植物进化过程中保留的关键功能区域为功能基因挖掘提供线索泛基因组Pangenome针对小麦、大麦、水稻等物种提供泛基因组数据整合多个栽培品种的基因组序列展示物种的全基因组遗传多样性解决单一参考基因组无法覆盖物种全部基因库的问题。4. 表达数据解析基因时空表达模式表达数据是解析基因功能、植物生长发育机制、逆境响应机制的关键Ensembl Plants 整合了公共数据库的 RNA-seq、微阵列数据为研究者提供基因表达的全局视图。公共表达数据整合 Expression Atlas、ENA 等数据库的植物组织 / 器官表达数据如根、茎、叶、花、果实、逆境胁迫表达数据如干旱、高温、盐胁迫、发育阶段表达数据支持按物种、组织、处理条件筛选表达信息可视化展示在基因组浏览器中以轨迹track形式展示基因表达量FPKM/TPM帮助研究者直观查看基因在不同条件下的表达差异表达定量数据支持批量下载特定基因 / 组织的表达定量表格用于后续的差异表达分析、共表达网络构建。三、核心工具一站式植物基因组分析平台Ensembl Plants 不仅提供数据还配备了一套功能强大的在线分析工具无需复杂的编程知识即可完成从数据查询到分析的全流程操作核心工具如下1. 基因组浏览器Genome Browser这是 Ensembl Plants 的核心交互界面采用可视化布局将基因组序列、基因模型、变异、表达、比较基因组学等数据以分层轨迹track的形式展示支持缩放、跳转、筛选帮助研究者快速定位目标区域并整合多维度数据Ensembl Training。核心功能区域搜索支持通过基因 ID、染色体坐标、变异 ID、物种名称快速定位基因组区域轨迹配置可自定义显示 / 隐藏不同类型的轨迹如基因轨迹、变异轨迹、表达轨迹、比对轨迹调整轨迹显示样式聚焦核心信息细节查看点击基因、变异、比对区域等可弹出详细信息框展示序列、注释、功能等内容数据下载支持当前区域的序列、注释、变异、表达等数据的批量下载Ensembl Training典型应用场景定位某一功能基因查看其外显子 / 内含子结构、上下游调控区域查看基因的变异位点分析变异对基因功能的影响对比不同物种的同源基因区域解析基因组的进化差异Ensembl Training。2. BLAST/BLAT 序列比对工具用于本地序列与 Ensembl Plants 基因组数据的比对快速找到同源序列是基因定位、同源基因挖掘的基础工具Ensembl Plants。支持的比对类型核酸比对BLASTn、BLATn将 DNA 序列比对到基因组用于基因定位、引物设计、变异检测蛋白比对BLASTp、TBLASTn将蛋白序列比对到基因组或核酸序列用于同源基因挖掘、基因功能预测翻译比对BLASTx、TBLASTx将核酸序列翻译为蛋白序列进行比对适用于无注释的新序列Ensembl Plants核心优势支持批量序列输入输出结果清晰包含比对得分、E 值、同源区域、序列同一性等关键信息结果可直接链接到基因组浏览器查看同源区域的详细注释Ensembl Plants。3. 变异效应预测器VEP这是 Ensembl 系列平台的标志性工具可分析用户提交的变异序列预测变异对基因功能、蛋白结构的影响是功能基因组学研究的核心工具Ensembl Plants。核心功能变异效应注释预测变异的效应类型错义突变、无义突变、剪接位点变异、同义突变等功能影响分析关联 GO 术语、蛋白结构域、保守区域等评估变异对基因功能的潜在影响群体频率查询提供变异在不同群体中的等位基因频率辅助判断变异的致病性批量处理支持大量变异位点的批量注释输出可直接用于后续分析的表格Ensembl Plants典型应用分析 GWAS、QTL 定位找到的显著变异位点预测其功能效应解析基因组重测序检测到的新变异评估其对作物性状的影响Ensembl Plants。4. 基因组坐标转换工具Assembly Converter用于不同版本基因组组装之间的坐标转换liftover解决基因组版本更新导致的坐标不一致问题是跨版本数据分析的必备工具Ensembl Plants。核心功能支持同一物种不同版本组装的坐标转换如拟南芥 TAIR10 到 Col-0-CEN10支持不同物种相近组装的坐标转换如水稻 Nipponbare 不同版本批量转换支持批量基因 ID 或坐标的转换输出转换结果表格Ensembl Plants典型应用将旧版本基因组的基因坐标转换到新版本整合不同版本的研究数据将野生种的基因组坐标转换到栽培种参考基因组辅助基因定位Ensembl Plants。5. BioMart 批量数据挖掘工具BioMart 是一个灵活的批量数据检索工具支持用户按自定义条件筛选数据并批量下载无需编程知识即可完成大规模数据获取Ensembl Training。核心功能多数据集选择支持选择不同物种、不同数据类型基因、变异、表达、序列作为数据集自定义筛选可通过基因 ID、染色体区域、变异效应、表达水平等条件筛选数据自定义属性选择需要输出的信息如基因序列、变异位点、表达量、GO 注释批量下载支持输出结果为 TSV、FASTA、GTF 等格式直接下载用于后续分析Ensembl Training典型应用批量下载某一物种所有抗病基因的序列与注释信息筛选某一染色体上的所有 SNP 变异获取其功能效应与群体频率下载特定组织的基因表达定量数据用于差异表达分析Ensembl Training。6. 其他辅助工具ID 历史转换工具将旧版本的基因 / 变异 ID 转换为当前版本的稳定 ID解决 ID 更新导致的数据丢失问题Ensembl Plants多倍体视图工具针对小麦、棉花等多倍体植物同时展示多个亚基因组的注释与比对信息帮助研究者解析亚基因组的进化与功能分化Ensembl Plants数据提交工具支持研究人员提交新的基因组注释、变异数据、表达数据经审核后整合到平台丰富平台数据资源。四、特色数据资源聚焦关键作物与模式植物Ensembl Plants 针对粮食作物、经济作物、模式植物提供了专属的深度数据资源这些资源是相关领域研究的核心支撑以下为重点介绍1. 小麦Triticum aestivum多倍体作物的典范小麦是全球最重要的粮食作物之一其异源六倍体基因组AABBDD结构复杂是 Ensembl Plants 的重点优化物种Ensembl Plants。核心数据参考基因组IWGSC RefSeq v1.0/v1.1 高质量组装包含 21 条染色体栽培品种数据17 个小麦栽培品种的基因组组装来自 10 小麦基因组项目包括中国春、Cadenza、Kronos 等变异数据约 9000 万个 SNP 变异来自 Watkins 地方小麦收集品、TaNG 芯片、Axiom 35K/820K 芯片、TILLING 群体的 EMS 突变位点亚基因组注释A、B、D 三个亚基因组的专属基因模型与变异数据支持亚基因组间的对比分析Ensembl Plants特色工具多倍体视图同时展示三个亚基因组的基因与变异直观解析同源基因的表达与变异差异小麦特异比较基因组学与水稻、短柄草、大麦等近缘物种的全基因组比对揭示小麦基因组的进化起源Ensembl Plants。2. 水稻Oryza sativa模式作物的标杆水稻是单子叶植物的模式作物也是全球最重要的粮食作物Ensembl Plants 收录了籼稻Indica和粳稻Japonica两个亚种的高质量数据。核心数据参考基因组籼稻 93-11、粳稻 Nipponbare 的高质量组装变异数据3024 份水稻种质的全基因组变异3K 水稻项目涵盖全球主要水稻品种表达数据不同组织、逆境胁迫下的基因表达数据支持水稻生长发育与逆境响应机制研究特色资源水稻特异 GO 注释与 Pathway 数据聚焦水稻的抗病、抗逆、产量相关通路与拟南芥的比较基因组学数据解析单子叶与双子叶植物的进化差异。3. 拟南芥Arabidopsis thaliana植物功能基因组学的模式拟南芥是植物科学研究的 “模式生物”其基因组小、遗传背景清晰Ensembl Plants 提供了最全面的拟南芥数据资源。核心数据参考基因组Col-0 生态型的高质量组装注释完善变异数据1001 拟南芥基因组项目的全基因组变异涵盖全球不同生态型表达数据不同组织、发育阶段、逆境胁迫下的表达数据支持基因功能验证特色资源1001 基因组项目的表型关联数据解析变异与表型的关系拟南芥特异的基因家族注释聚焦植物特有的功能基因家族。4. 其他特色物种资源玉米Zea mays收录 B73 参考基因组及多个自交系的基因组数据提供玉米杂种优势、抗逆相关的变异与表达数据大豆Glycine max提供四倍体大豆的亚基因组注释与野生大豆的比较基因组学数据解析大豆的进化与驯化葡萄Vitis vinifera提供端粒到端粒T2T的高质量组装解析葡萄的果实发育、抗逆机制
