产品简介RNA上存在一百多种化学修饰其中N6-甲基腺嘌呤m6A作为真核生物mRNA上含量最普遍的化学修饰参与调控了很多重要的生物学过程。不同于m6Am6Am主要位于真核生物mRNA 5端帽子之后的第一个碱基。早在1975年科学家就鉴定到了m6Am的存在。m6Am也是一个动态、可逆的修饰但其修饰酶PCIF1近两年才发现。m6Am修饰主要位于5’m7Gppp帽子后的第一个碱基主要通过影响mRNA的蛋白翻译效率发挥作用。表观生物m6Am-Exo-seq测序技术Exo即核酸外切酶大幅降低样本要求量可以在全转录组范围mRNA及lincRNA高效准确的鉴定m6Am的修饰位点及丰度变化。图1. m6Am修饰反应及作用机制[1]技术流程图2. m6Am-Exo-seq双IP建库流程送样要求样本类型1. 总RNA100ug2. 细胞数量为5x1073. 组织质量为100mg样本物种仅限人、大小鼠物种其他物种需评估分析内容基本分析1.测序原始reads去接头质量控制QC2.参考基因组比对Mapping3.富集区域鉴定PeakCalling4.富集区域注释PeakAnno5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny图7.Motif分析8.Peak基因GO和KEGG分析9.差异Peak分析即差异RNA修饰mRNA、lncRNA10.差异Peak基因GO和KEGG分析高级分析1.单位点修饰预测分析SingleSite2.差异RNA修饰热图Heatmap3.累计分布曲线分析Cumulative Distribution Fraction Analysis4.关联分析与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析5.关联分析四象限图6.关联分析热图Heatmap7.IGV峰图附5个基因实测数据图3. Peak在mRNA结构上的分布metageneplot图图4. Peak在lincRNA结构上的分布metageneplot图图5. motif分析结果CA特征不同于m6A修饰的RRACH图6. IGV特定基因峰图参考案例1.Sendinc E, Valle-Garcia D, Dhall A, et al. PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression[J].Molecular cell, 2019, 75(3): 620-630. e9.2.Mauer J, Sindelar M, Despic V, et al. FTO controls reversible m 6 Am RNA methylation during snRNA biogenesis[J].Nature chemical biology, 2019, 15(4): 340-347.3.Akichika S, Hirano S, Shichino Y, et al. Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II–associated methyltransferase[J].Science, 2019, 363(6423): eaav0080.4.Sun H, Zhang M, Li K, et al. Cap-specific, terminal N 6-methylation by a mammalian m 6 Am methyltransferase[J].Cell research, 2019, 29(1): 80-82.5.Li K, Cai J, Zhang M, et al. Landscape and regulation of m6A and m6Am methylome across human and mouse tissues[J].Molecular cell, 2020, 77(2): 426-440. e6.
m6Am甲基化修饰测序m6Am-Exo-seq
产品简介RNA上存在一百多种化学修饰其中N6-甲基腺嘌呤m6A作为真核生物mRNA上含量最普遍的化学修饰参与调控了很多重要的生物学过程。不同于m6Am6Am主要位于真核生物mRNA 5端帽子之后的第一个碱基。早在1975年科学家就鉴定到了m6Am的存在。m6Am也是一个动态、可逆的修饰但其修饰酶PCIF1近两年才发现。m6Am修饰主要位于5’m7Gppp帽子后的第一个碱基主要通过影响mRNA的蛋白翻译效率发挥作用。表观生物m6Am-Exo-seq测序技术Exo即核酸外切酶大幅降低样本要求量可以在全转录组范围mRNA及lincRNA高效准确的鉴定m6Am的修饰位点及丰度变化。图1. m6Am修饰反应及作用机制[1]技术流程图2. m6Am-Exo-seq双IP建库流程送样要求样本类型1. 总RNA100ug2. 细胞数量为5x1073. 组织质量为100mg样本物种仅限人、大小鼠物种其他物种需评估分析内容基本分析1.测序原始reads去接头质量控制QC2.参考基因组比对Mapping3.富集区域鉴定PeakCalling4.富集区域注释PeakAnno5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny图7.Motif分析8.Peak基因GO和KEGG分析9.差异Peak分析即差异RNA修饰mRNA、lncRNA10.差异Peak基因GO和KEGG分析高级分析1.单位点修饰预测分析SingleSite2.差异RNA修饰热图Heatmap3.累计分布曲线分析Cumulative Distribution Fraction Analysis4.关联分析与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析5.关联分析四象限图6.关联分析热图Heatmap7.IGV峰图附5个基因实测数据图3. Peak在mRNA结构上的分布metageneplot图图4. Peak在lincRNA结构上的分布metageneplot图图5. motif分析结果CA特征不同于m6A修饰的RRACH图6. IGV特定基因峰图参考案例1.Sendinc E, Valle-Garcia D, Dhall A, et al. PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression[J].Molecular cell, 2019, 75(3): 620-630. e9.2.Mauer J, Sindelar M, Despic V, et al. FTO controls reversible m 6 Am RNA methylation during snRNA biogenesis[J].Nature chemical biology, 2019, 15(4): 340-347.3.Akichika S, Hirano S, Shichino Y, et al. Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II–associated methyltransferase[J].Science, 2019, 363(6423): eaav0080.4.Sun H, Zhang M, Li K, et al. Cap-specific, terminal N 6-methylation by a mammalian m 6 Am methyltransferase[J].Cell research, 2019, 29(1): 80-82.5.Li K, Cai J, Zhang M, et al. Landscape and regulation of m6A and m6Am methylome across human and mouse tissues[J].Molecular cell, 2020, 77(2): 426-440. e6.
